Głównym celem Armii Krajowej było przygotowanie do powstania powszechnego przeciwko Niemcom przez zorganizowane siły polskiego podziemia, wspartego przez całą ludność i armię polską sformowaną na Zachodzie oraz posiłki aliantów zachodnich. Sytuacja skompilowała się, gdy stało się jasne, że wojska alianckie nie wkroczą do Polski od zachodu czy południa, ale ze wschodu wkroczą wojska sowieckie. Władze polskie (zarówno te znajdujące się w Londynie, jaki i te podziemne) musiały zająć jasne stanowisko w stosunku do władz i wojsk sowieckich wkraczających na teren Polski, oraz pretensji sowieckich do ziem wschodnich.
Wszystko wskazywało na to, że na ziemie polskie wkroczy nie sprzymierzeniec, ale wróg. Dowództwo AK obawiało się, że bezczynność na terenach zajmowanych przez armię sowiecką byłaby szkodliwa, ponieważ pokazałaby wolę narodu polskiego do stworzenia 17 republiki sowieckiej. Zdaniem władz krajowych, wobec zbliżających się do granic wojsk sowieckich należało wypracować taką politykę, która zabezpieczała prawo Polski do niepodległego bytu, czyli nie bacząc na ryzyko wziąć udział w walce z Niemcami, by nie zawdzięczać uwolnienia tylko i wyłącznie armii sowieckiej. Oznaczało to ujawnienie AK wobec Sowietów. Uznano, że konieczne jest ujawnienie się władz podziemnych i wystąpienie ich w roli gospodarza kraju. Inaczej rolę tę przywłaszczą sobie organizacje komunistyczne, a przede wszystkim PPR, a to miało otworzyć drogę do utworzenia 17 republiki Związku Sowieckiego.
Pod koniec 1943 roku władze Polskiego Państwa Podziemnego i władze naczelne w Londynie podjęły decyzję o przystąpieniu Armii Krajowej do akcji Burza. Rozkaz do jej rozpoczęcia wydał w listopadzie 1943 roku Komendant Główny Armii Krajowej Tadeusz Bór-Komorowski. W nocy z 3 na 4 stycznia 1944 roku wojska sowieckie przekroczyły przedwojenną polską granicę w rejonie miasta Sarny, a w międzyczasie przeprowadzono mobilizację do akcji Burza. W środkowej Polsce, a zwłaszcza w Generalnej Guberni mniejsze oddziały partyzanckie zostały połączone w większe jednostki, a na ziemiach wschodnich, gdzie akcja Burza miała się rozpocząć, zostali zmobilizowani wszyscy żołnierze AK. Zobacz więcej o partyzantach Armii Krajowej.
Władzom i komendom terenowym przekazane zostały przez Delegaturę Rządu i Komendę Główną AK następujące wytyczne: traktowanie armii sowieckiej jako sprzymierzeńca i nie dopuszczanie do walki z nią, wzmożenie akcji dywersyjnej na tyłach niemieckich, zwłaszcza atakowanie tylnych straży i niszczenie linii komunikacyjnych, wyłączenie z akcji Burza Warszawy i innych większych miast, zachowanie odrębności wobec armii sowieckiej i odmówienie wcielenia do armii Berlinga, ujawnienie się wobec Sowietów, przeciwdziałanie ucieczce ludności z terenów zajmowanych przez armię sowiecką, gdyż ich opuszczenie ułatwi zagarnięcie przez Sowietów. Ponadto nakazano utrzymać w dalszym ciągu gotowość do powszechnego powstania zbrojnego na wypadek gwałtownego załamania się Niemiec pod ciosami wojsk alianckich.
W lutym 1944 roku doszło do pierwszego zetknięcia się z oddziałów AK z regularnym wojskiem sowieckim. W trakcie akcji Burza oddziały AK stoczyły dziesiątki bitew i potyczek z Niemcami, walczyły ramię w ramię z wojskami sowieckimi. W oswobodzonych miejscowościach oddziały AK ujawniały się wobec Sowietów, a następnie zostawały rozbrajane przez NKWD i wywożone na Sybir lub osadzane w więzieniach i obozach koncentracyjnych, a dowódcy często rozstrzeliwani. Mimo informacji o działaniach sowieckich wobec żołnierzy AK, akcja Burza była kontynuowana w kolejnych regionach.
Wraz z sowiecką ofensywą letnią, rozpoczętą na Białorusi 23 czerwca 1944 roku, akcja Burza objęła Wileńszczyznę i Nowogródczyznę, a następnie Lubelskie, Małopolskę Wschodnią i Białostockie. W końcu lipca przekroczyła San i sięgnęła w Rzeszowskie, przekroczyła Wisłę i rozpoczęła się w Sandomierskim. Dotarła pod Warszawę. Walka AK o Warszawę przeszła do historii jako Powstanie warszawskie. W tym czasie akcja Burza sięgnęła w Radomskie, Krakowskie i na Podhale. W jej ramach zostały wyzwolone spod okupacji niemieckiej, z ogromną pomocą wojsk AK, takie miasta jak Kowel, Wilno, Lwów, Lublin i Rzeszów.
Cele wojskowe akcji Burza zostały osiągnięte, była to udana próba mobilizacji wojsk AK, w akcji Burza wzięło udział łącznie 100 tysięcy żołnierzy i oficerów AK, odtworzono dywizje i pułki przedwojenne, walczące we wrześniu 1939 roku, co podkreśliło ciągłość Polskich Sił Zbrojnych i wprowadziło AK na teatr działań wojennych jako armię aliancką. W sierpniu 1944 roku Armia Krajowa została oficjalnie uznana za wojska sprzymierzone. Natomiast nawiązanie współpracy z Sowietami nie przyniosło zamierzonych celów politycznych, na co duży wpływ miały działania NKWD, które wkraczało na ziemie polskie wraz z Armią Czerwoną.
Alianci zachodni, informowani przez wywiad AK o przeprowadzanych przez NKWD masowych aresztowaniach żołnierzy podziemia, dowódców AK i przedstawicieli Delegatury Rządu na Kraj, nie zareagowali w stopniu umożliwiającym zmianę polityki sowieckiej wobec Polski i jej obywateli. Stalin nadal przekonywał sojuszników zachodnich, wbrew oczywistym faktom ujawnionym w trakcie akcji Burza, iż Armia Krajowa jest słaba i niezdolna do jakichkolwiek działań wojskowych oraz że nie ma wpływu na społeczeństwo, a jedyną siłą polityczną, z którą Polacy wiążą nadzieje na odrodzenie niepodległego państwa polskiego, miała być rzekomo polska lewica i komuniści.
Ogółem na skutek działań sowieckich służb bezpieczeństwa, głównie NKWD, w więzieniach i obozach zamknięto 50 tys. żołnierzy AK, uczestniczących w akcji Burza, głównie za odmowę wstąpienia do kontrolowanej przez ZSRS armii Berlinga. 26 października 1944 roku gen. Leopold Okulicki wydał rozkaz zakończenia akcji Burza. Działania na mniejszą skalę prowadzone w październiku i listopadzie 1944 roku, określono kryptonimem „Deszcz”. Zakończyła je demobilizacja oddziałów leśnych.
